在朱镕基同志的亲自倡导和大力推动下，上海会计学院于2000年9月正式成立。学院是财政部直属事业单位，受财政部和上海市人民政府双重领导，实行董事会领导下的院长负责制。学院还设有中国政府发起的亚太金融与发展研究所(AFDI)，这是中国政府在亚太经合组织框架下发起的第一个促进区域能力建设的机构。
十多年来，在财政部的直接领导下，在各级领导的关心和指导下，在社会各界的大力支持下，上海会计学院经历了艰苦创业，积极探索高级财会人才的培养规律，适应经济社会发展对高端人才的需求和会计行业的发展战略， 为国家宏观经济部门、国有大中型企业、金融机构和中介机构开展高水平继续教育，形成了清晰的办学理念和模式。 逐步形成了学历教育、高级管理培训、远程教育的“三条腿”职业格局，在经济社会领域形成了较高的声誉，被誉为会计人员的“精神家园”。
学院自成立以来，已培训学员140多万人，承担了国家和国家一系列人才培养项目，如国家会计领军人才培养项目、国有企业总会计师培训等，面向企业、金融机构和政府财税部门的高级定制课程已发展成为具有广泛影响力的品牌项目。2011年学院被国务院学位办批准为硕士学位授予单位，先后获得会计、审计硕士学位授予权；同年，学院与亚利桑那州立大学合作的EMBA项目在《金融时报》排名中位列全球第20；2013年，学院中外合作办学项目(EMBA、EMPAcc)获得教育部认证。2014年，学院被国务院学位办增补为税务硕士。学院作为国家级继续教育基地，也积极承担社会责任，大力发展远程教育，利用网络成本低、覆盖面广的优势，为广大西部地区基层会计和经济管理人才提供优质的培训课程。
面向未来，学院将坚持“国际知名会计学院”的办学目标，进一步探索和完善符合学院实际的“一流实训基地+知名商学院”特色发展模式，努力把学院发展成为中国顶尖会计人才培养基地、国家会计政策和企业财务运作的重要智库、国家会计信息发布中心和会计领域重要的国际交流平台。 从而更好地服务于加强会计国家、金融中心和经济社会发展的目标。
